AIKraft/AI/Войти
AIKraft/Skills/tooluniverse-rnaseq-deseq2

tooluniverse-rnaseq-deseq2

Анализ дифференциальной экспрессии RNA-seq с использованием DESeq2, edgeR и limma-voom — списки DEGs, изменения кратности, оценка дисперсии, формулы дизайна с учетом ковариат, контрасты между несколькими условиями и операции над множествами Венна между группами. Маршрутизация через DESeq2 (по умолчанию), edgeR (QL-F / точный тест для малого числа реплик) и limma-voom (большое n / сложные дизайны). Используется, когда есть матрица подсчетов и метаданные, нужно найти DEGs или требуется анализ дисперсии/PCA/кластеризации. Включает приоритет правила RULE ZERO (прочитайте executed.ipynb, если он присутствует).

mims-harvard official Дизайн

Что делает навык

Анализ дифференциальной экспрессии RNA-seq с использованием DESeq2, edgeR и limma-voom — списки DEGs, изменения кратности, оценка дисперсии, формулы дизайна с учетом ковариат, контрасты между несколькими условиями и операции над множествами Венна между группами. Маршрутизация через DESeq2 (по умолчанию), edgeR (QL-F / точный тест для малого числа реплик) и limma-voom (большое n / сложные дизайны). Используется, когда есть матрица подсчетов и метаданные, нужно найти DEGs или требуется анализ дисперсии/PCA/кластеризации. Включает приоритет правила RULE ZERO (прочитайте executed.ipynb, если он присутствует).

Как подключить

1Скачать навык
# возьмите папку навыка «tooluniverse-rnaseq-deseq2» из репозитория: # https://github.com/mims-harvard/tooluniverse
2Положить папку с SKILL.md к навыкам ассистента
# положите папку навыка туда, где ассистент ищет skills: cp -r tooluniverse-rnaseq-deseq2/ ~/.claude/skills/tooluniverse-rnaseq-deseq2/

Навык — папка с файлом SKILL.md (описание + инструкции) и опциональными скриптами. Ассистент (Claude, Claude Code и совместимые) подхватывает его по описанию и следует шагам.